吉木萨尔县人民政府办公室

吉木萨尔县公安局

吉木萨尔县林业和草原局

吉木萨尔县医疗保障局

吉木萨尔县统计局

吉木萨尔县市场监督管理局（知识产权局）

吉木萨尔县审计局

吉木萨尔县应急管理局（矿山安全监督管理局）

吉木萨尔县退役军人事务局

吉木萨尔县卫生健康委员会（疾病预防控制局）

吉木萨尔县文化体育广播电视和旅游局（文物局）

吉木萨尔县农业农村局（乡村振兴局、畜牧兽医局）

吉木萨尔县水利局

吉木萨尔县交通运输局

吉木萨尔县住房和城乡建设局

吉木萨尔县自然资源局

吉木萨尔县人力资源和社会保障局

吉木萨尔县财政局

吉木萨尔县司法局

吉木萨尔县民政局

吉木萨尔县商务和工业信息化局

吉木萨尔县科学技术局

吉木萨尔县教育局

吉木萨尔县发展和改革委员会(粮食和物资储备局）